Glossário

Definições em linguagem simples para os termos usados no seu relatório. Descrevem conceitos; não são aconselhamento médico.

O relatório propriamente dito está em inglês. Por isso, cada termo aparece aqui primeiro tal como o vai ler no relatório, seguido da palavra portuguesa entre parênteses.

Variant (variante)

Um ponto em que a sequência do seu ADN difere do genoma de referência. A maioria das variantes é inofensiva; algumas são estudadas na literatura clínica.

Reference genome (genoma de referência, GRCh38)

A sequência padrão de ADN humano com a qual se comparam os dados de todas as pessoas, para que uma posição signifique o mesmo para toda a gente. O GRCh38 é a versão atual.

Zygosity (zigotia)

Se uma variante está presente numa cópia de um gene (heterozigótica, heterozygous no relatório) ou nas duas cópias (homozigótica, homozygous no relatório). Numa doença recessiva, é isto que distingue o estado de portador da própria doença.

Carrier (portador)

Uma pessoa com uma cópia de uma variante recessiva. Em geral, a própria pessoa não tem a doença, mas a variante pode contar para o planeamento familiar.

Pathogenic / Likely pathogenic (patogénica / provavelmente patogénica, P/LP)

A classificação do ClinVar para as variantes que a comunidade científica considera causadoras de doença, ou provavelmente causadoras. Reproduzimos o rótulo do ClinVar; não atribuímos um rótulo nosso.

Review status (estado de revisão, estrelas)

A escala do ClinVar, de 0 a 4 estrelas, que indica como uma classificação foi revista. Uma estrela significa que uma só submissão apresentou os seus critérios, ou que as submissões que o fizeram discordam; duas, que várias concordam; três, um painel de peritos; quatro, uma recomendação de prática clínica; nenhuma, que não foram indicados critérios. Avalia a revisão, não a gravidade da doença. As definições do ClinVar. Como as estrelas ordenam o que um relatório mostra: VUS, estrelas do ClinVar e porque é que um resultado genético pode mudar.

Penetrance (penetrância)

A frequência com que as pessoas com uma determinada variante desenvolvem realmente a doença associada. Uma penetrância elevada não significa certeza.

Allele frequency (frequência alélica)

Quão comum é uma variante na população (segundo o gnomAD). As variantes muito raras são consideradas de forma diferente das comuns.

Genome-wide significance (significância à escala do genoma, p ≤ 5×10⁻⁸)

O critério estatístico exigente que um estudo de associação à escala do genoma (GWAS) tem de ultrapassar antes de dar como real uma ligação entre uma variante e uma característica. Um GWAS testa cerca de um milhão de variantes comuns ao mesmo tempo, por isso o limiar habitual p < 0,05 daria, só por acaso, dezenas de milhares de falsos positivos. Repartir esse 0,05 por todos esses testes dá cerca de 5×10⁻⁸. Se o limiar for ultrapassado, é muito pouco provável que a associação seja um acaso estatístico.

Below genome-wide significance (abaixo do limiar à escala do genoma)

Um resultado que não ultrapassou o limiar de 5×10⁻⁸. É aqui que os leitores mais vezes se enganam, por isso convém dizê-lo com clareza: abaixo do limiar quer dizer «não provado por este estudo, sozinho», e não «falso» nem «sem efeito». O limiar é deliberadamente exigente para manter as falsas descobertas fora da lista principal, e muitas associações reais ficam logo abaixo dele, muitas vezes porque um estudo isolado era simplesmente demasiado pequeno para o atingir, mesmo quando trabalhos posteriores confirmam o efeito.

Incluímos de propósito alguns resultados abaixo do limiar, e assinalamo-los sempre como tal. Há duas razões concretas. Primeiro, uma pontuação poligénica (PRS) constrói-se somando muitas variantes de efeito pequeno, e muitas delas, uma a uma, ficam abaixo de 5×10⁻⁸; deixá-las de fora deitaria fora um sinal preditivo real, porque o limiar é um filtro de descoberta, não um veredicto sobre a verdade. Segundo, as secções Frontier e The Fringe existem precisamente para mostrar resultados emergentes, contestados ou de um só estudo, com a força da sua evidência anunciada logo à partida, para que possa ver a margem viva da ciência sem que façamos passar uma pista por um facto assente.

Pharmacogenomics (farmacogenética, PGx)

A forma como a sua genética pode influenciar a resposta a certos medicamentos, segundo as recomendações do CPIC. Fale sempre com um médico antes de qualquer decisão sobre um medicamento.

Haplogroup (haplogrupo)

Um ramo da árvore genealógica humana, definido por marcadores herdados em comum. A linhagem materna segue-se através do ADN mitocondrial.

Literature match (correspondência com a literatura)

Um resultado do relatório: os seus dados correspondem a uma variante descrita numa base de dados pública. É informação a confirmar com um médico, não um diagnóstico.

Para ver como estes conceitos se articulam, leia como funciona a análise.