Os ficheiros que a Aimosti aceita

Um VCF lista apenas os pontos em que o seu genoma difere da referência. Não diz que posições foram lidas. Por isso, quando uma variante associada a uma doença não está no ficheiro, há duas explicações possíveis: não a tem, ou a sequenciação nunca cobriu esse ponto. Um gVCF regista as regiões cobertas, o que separa os dois casos. Os dois ficheiros dão o relatório completo. O gVCF permite-nos dizer «examinado e sem variante» em vez de «não encontrado».

Um chip de genotipagem lê algumas centenas de milhares de posições escolhidas. Um genoma sequenciado lê milhares de milhões. Com um chip, recebe as características, as origens e a farmacogenética, com cada posição determinante indicada como lida, presente mas impossível de resolver, ou ausente do seu chip. Recebe também alguns resultados específicos que estão nos chips habituais, como o fator V de Leiden e a protrombina G20210A, indicados apenas para essa variante. Não recebe o painel completo de resultados clínicos nem o estado de portador. Esses exigem um genoma sequenciado, porque um chip nunca lê a maior parte dessas posições. Dizemo-lo aqui, e não depois de pagar.

GRCh38 e GRCh37. Alguns fornecedores, entre os quais a Dante, ainda entregam GRCh37. Em GRCh37, o painel farmacogenético de 29 alvos corre por inteiro. O mapa de cobertura por gene e a pesquisa de deleções recorrentes só existem em GRCh38; num ficheiro GRCh37, indicamo-los como não medidos. Não os estimamos. Os nomes dos contigs são iguais nas duas versões, por isso um ficheiro lido com a versão errada daria números nas coordenadas erradas em vez de um erro. É por isso que detetamos a versão a partir do seu ficheiro e agimos em função do que encontramos.

As leituras são as provas a partir das quais o ficheiro de variantes foi resumido. Há genes que não se conseguem determinar a partir de um resumo. O CYP2D6 é o exemplo clássico: duplicações, deleções e um pseudogene quase idêntico enganam um ficheiro de variantes, e o CYP2D6 influencia a dose de antidepressivos e analgésicos comuns e do tamoxifeno. O Deep Read (49 € na Europa, 49 US$ no resto do mundo) lê o número de cópias do CYP2D6, mede a cobertura de cada gene, deteta duas deleções recorrentes pela profundidade, faz a tipagem HLA-DQ e corre, pelo caminho, o painel de 29 alvos.

Não. Ficheiros gzip, bgzip e zip funcionam todos. Carregue o ficheiro tal como o seu fornecedor o entregou. Convertê-lo por conta própria é a forma mais comum de o estragar.

Três coisas. Leituras não alinhadas (FASTQ): alinhe-as primeiro, ou peça o ficheiro de variantes ao seu fornecedor. VCF com várias amostras e VCF de trio: carregue uma pessoa por ficheiro. VCF «só de posições», sem genótipos: o ficheiro lista posições, mas não o que tem em cada uma. Recusamos estes ficheiros no carregamento e dizemos-lhe de qual se trata, em vez de analisar um ficheiro que não conseguimos ler corretamente.

A maioria dos relatórios de genoma completo em GRCh38 fica pronta 5 a 15 minutos depois de o carregamento terminar. Um ficheiro GRCh37 é primeiro convertido para GRCh38, e um gVCF grande nessa versão pode demorar algumas horas. O Deep Read demora cerca de meia hora depois de as leituras chegarem. Enviamos-lhe um e-mail quando estiver concluído, por isso não precisa de manter o separador aberto.