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É : leituras alinhadas.
É exatamente disto que o painel farmacogenético Deep Read precisa: 29 alvos lidos base a base, incluindo os alelos estrela do CYP2D6 que um VCF normal não consegue determinar com fiabilidade. O relatório padrão é feito a partir de um VCF ou gVCF: as leituras alinhadas complementam-no, não o substituem.
O Deep Read precisa de leituras com profundidade padrão. Um ficheiro de baixa profundidade (low-pass), como o ficheiro de sequenciação que a própria MyHeritage disponibiliza, é lido cerca de duas vezes em vez de trinta, o que é pouco para determinar estes genes. Medimos a profundidade e paramos, em vez de adivinhar.
Um CRAM precisa também da montagem de referência exata com que foi comprimido: não basta a mesma versão do genoma. Temos as montagens habituais e verificamos a sua antes de qualquer pagamento, por isso uma montagem que não conseguimos ler é recusada em vez de cobrada.
O que os dois ficheiros cobrem
O Deep Read custa 49 US$ à parte, ou 69 US$ em conjunto com o relatório completo. O relatório completo é feito a partir de um ficheiro de variantes e o Deep Read a partir das suas leituras: juntos, precisam dos dois ficheiros. A maioria dos fornecedores de sequenciação disponibiliza os dois para descarregar em conjunto.