Glossaire

Des définitions en langage clair pour les termes employés dans votre rapport. Elles décrivent des notions ; ce ne sont pas des conseils médicaux.

Le rapport lui-même est en anglais. C’est pourquoi chaque terme figure d’abord ici tel que vous le lirez dans le rapport, suivi du mot français entre parenthèses.

Variant (variant)

Un endroit où votre séquence d’ADN diffère du génome de référence. La plupart des variants sont sans conséquence ; quelques-uns sont étudiés dans la littérature clinique.

Reference genome (génome de référence, GRCh38)

La séquence d’ADN humaine standard à laquelle les données de chacun sont comparées, pour qu’une position signifie la même chose pour tout le monde. GRCh38 est la version actuelle.

Zygosity (zygotie)

Le fait qu’un variant soit présent sur une copie d’un gène (hétérozygote, heterozygous dans le rapport) ou sur les deux copies (homozygote, homozygous dans le rapport). Pour une maladie récessive, c’est ce qui distingue le statut de porteur de la maladie elle-même.

Carrier (porteur)

Une personne qui a une copie d’un variant récessif. En général, cette personne n’est pas elle-même malade, mais le variant peut compter pour un projet d’enfant.

Pathogenic / Likely pathogenic (pathogène / probablement pathogène, P/LP)

La classification de ClinVar pour les variants que la communauté scientifique considère comme responsables d’une maladie, ou probablement responsables. Nous reprenons l’étiquette de ClinVar ; nous n’attribuons pas la nôtre.

Review status (statut d’évaluation, étoiles)

L’échelle de ClinVar, de 0 à 4 étoiles, qui indique comment une classification a été évaluée. Une étoile signifie qu’une seule soumission a donné ses critères, ou que des soumissions qui l’ont fait sont en désaccord ; deux, que plusieurs concordent ; trois, un panel d’experts ; quatre, une recommandation de pratique ; aucune, pas de critères indiqués. Elle note l’évaluation, pas la gravité de la maladie. Les définitions de ClinVar. Comment les étoiles trient ce qu’un rapport montre : VSI, étoiles de ClinVar et pourquoi un résultat génétique peut changer.

Penetrance (pénétrance)

La fréquence à laquelle les personnes porteuses d’un variant donné développent réellement la maladie associée. Une pénétrance élevée ne signifie pas une certitude.

Allele frequency (fréquence allélique)

La fréquence d’un variant dans la population (d’après gnomAD). Les variants très rares sont pris en compte autrement que les variants courants.

Genome-wide significance (seuil de significativité pangénomique, p ≤ 5×10⁻⁸)

Le seuil statistique strict qu’une étude d’association pangénomique (GWAS) doit franchir avant de tenir pour réel un lien entre un variant et un trait. Une GWAS teste environ un million de variants courants à la fois ; le seuil habituel p < 0,05 produirait donc, par pur hasard, des dizaines de milliers de faux positifs. Répartir ce 0,05 sur tous ces tests mène à environ 5×10⁻⁸. Si le seuil est franchi, il est très peu probable que l’association soit un hasard statistique.

Below genome-wide significance (sous le seuil pangénomique)

Un résultat qui n’a pas franchi le seuil de 5×10⁻⁸. C’est là qu’on se laisse le plus souvent induire en erreur, alors disons-le clairement : être sous le seuil signifie « non prouvé par cette étude à elle seule », pas « faux » et pas « aucun effet ». Le seuil est volontairement strict pour tenir les fausses découvertes hors de la liste principale, et beaucoup d’associations réelles se trouvent juste en dessous, souvent parce qu’une étude isolée était tout simplement trop petite pour l’atteindre, même quand des travaux ultérieurs confirment l’effet.

Nous incluons volontairement certains résultats sous le seuil, et nous les signalons toujours comme tels. Il y a deux vraies raisons à cela. D’abord, un score polygénique (PRS) se construit en additionnant de nombreux variants à petit effet, et beaucoup d’entre eux, pris un par un, tombent sous 5×10⁻⁸ ; les écarter ferait perdre un vrai signal prédictif, car le seuil est un filtre de découverte, pas un verdict sur la vérité. Ensuite, les sections Frontier et The Fringe existent précisément pour montrer des résultats émergents, contestés ou issus d’une seule étude, avec la force de leurs preuves annoncée d’emblée : vous voyez ainsi la frange vivante de la science sans que nous fassions passer une piste pour un fait établi.

Pharmacogenomics (pharmacogénétique, PGx)

La façon dont votre génétique peut influer sur votre réponse à certains médicaments, d’après les recommandations CPIC. Parlez toujours à un médecin avant toute décision concernant un médicament.

Haplogroup (haplogroupe)

Une branche de l’arbre généalogique humain, définie par des marqueurs hérités en commun. La lignée maternelle se suit à travers l’ADN mitochondrial.

Literature match (correspondance avec la littérature)

Un résultat du rapport : vos données correspondent à un variant décrit dans une base de données publique. C’est une information à confirmer avec un médecin, pas un diagnostic.

Pour voir comment ces notions s’articulent, lisez comment fonctionne l’analyse.