Que faire de vos fichiers Dante Labs

Les trois fichiers de votre Genome Manager

Les pages produit de Dante promettent un « accès sans restriction à vos fichiers BAM, VCF et FASTQ », téléchargeables depuis le portail que Dante appelle Genome Manager. Chacun est le même génome à une étape différente du traitement, et chacun a une taille différente.

• Le VCF est la liste des positions où vous différez du génome de référence, en général bien moins d’un gigaoctet. C’est à partir de lui que Dante a produit ses propres rapports, et c’est ici le fichier du rapport complet à 39 $US : résultats cliniques, statut de porteur, l’examen ClinVar élargi à 1 363 gènes de porteur supplémentaires, la pharmacogénétique à partir des variants qu’un VCF peut contenir, les traits, les origines et les scores polygéniques.
• Le BAM contient les reads alignés, des dizaines de gigaoctets. Il enregistre ce que le séquenceur a vu à chaque position, et c’est pourquoi il répond à deux questions qu’un VCF laisse ouvertes : un gène a-t-il réellement été couvert, et à quoi ressemblent les pharmacogènes à la structure difficile comme CYP2D6. C’est le panel Deep Read à 49 $US. Vous n’envoyez pas le BAM entier : le navigateur n’envoie que les tranches que le panel lit.
• Le FASTQ contient les reads non alignés. Nous ne l’utilisons pas. Gardez-le quand même : aucun autre fichier ne permet de reconstruire tout le reste.

Dante n’indique pas sur ses pages sur quelle version du génome de référence reposent ses fichiers, et des fichiers Dante nous sont parvenus en GRCh37 comme en GRCh38, selon la date du séquençage. Vous n’avez rien à faire : la vérification du fichier lit la version dans l’en-tête, et un fichier GRCh37 est converti avant l’analyse. C’est la conversion qui prend du temps. Un VCF en GRCh38 est en général prêt en un quart d’heure environ ; un gros fichier GRCh37 peut demander deux heures environ.

Ce qu’apporte une seconde lecture

Les rapports de Dante sont une interprétation, faite une fois, le jour où ils ont été produits. ClinVar et les recommandations CPIC ont évolué depuis et continuent d’évoluer. Une réanalyse ici lit le même VCF au regard des versions actuelles, figées, de ces sources, imprime la version de chacune sur votre rapport et liste nommément chaque gène, chaque maladie et chaque trait examinés, avant tout paiement. Quand le fichier ne peut pas répondre, le rapport le dit au lieu de deviner : un VCF de variants seuls ne distingue pas « rien chez vous » de « personne n’a regardé », si bien qu’un résultat vierge tiré de ce fichier est rapporté comme absent, jamais comme examiné et sans anomalie.

Le BAM change la donne. Deep Read mesure la profondeur sur chaque région du panel sélectionné et compte les bases couvertes à 10x ou plus, si bien que chaque gène revient examiné, partiellement examiné ou non mesuré. Les mêmes reads résolvent le nombre de copies de CYP2D6, détectent deux délétions récurrentes, typent HLA-DQ et alimentent le panel pharmacogénétique de 29 gènes jusqu’à la résolution des allèles étoiles de CPIC, avec au bout une synthèse d’une page à remettre à la personne qui vous prescrit vos médicaments. Si la couverture en reads est trop faible pour un gène, le panel renonce à ce gène plutôt que de le déterminer.

Où en est Dante Labs aujourd’hui

Ce qui suit est un historique, non une mise en garde, et chaque ligne peut se vérifier. Dante Labs a vendu pendant des années, depuis l’Italie, du séquençage du génome entier au grand public, et c’était pour beaucoup de gens en Europe le moyen habituel d’obtenir un génome à 30x. Le 23 décembre 2024, le cabinet d’avocats Clyde & Co a annoncé avoir conseillé Bio Cell Tech FZCO, une société immatriculée aux Émirats arabes unis, pour son acquisition de Dante Labs Genomics FZE, et que la société acquise avait été renommée Lifespan Genomics Labs FZCO. Le site grand public dantelabs.com ne signale pas ce changement et vend toujours le test 30x.

La propre politique de confidentialité de Dante indique que les informations génétiques sont conservées pendant toute la durée du compte, plus jusqu’à trois ans après sa suppression, et que l’échantillon biologique est détruit après le séquençage, sauf si vous choisissez de le faire stocker. Sa FAQ donne un autre chiffre pour les données personnelles : dix ans après la désactivation. Nous ne sommes pas en mesure de concilier les deux. Le point pratique est plus simple : les copies de vos fichiers que vous détenez sont celles que vous maîtrisez ; téléchargez-les donc tant que le portail les propose, et gardez-les dans un endroit qui vous appartient.

Comment récupérer vos fichiers chez Dante

1. Connectez-vous à votre compte Dante Labs et ouvrez le Genome Manager.
2. Téléchargez d’abord le VCF. C’est le petit fichier, et celui dont le rapport complet a besoin.
3. Téléchargez le BAM et son index si vous voulez le panel Deep Read. Il est volumineux : prévoyez une connexion filaire et du temps. Selon la FAQ de Dante, les fichiers bruts peuvent être « demandés ou téléchargés lorsqu’ils sont disponibles » ; si aucun téléchargement ne vous est proposé, demandez-les à son service client.
4. Rangez les deux dans un endroit privé que vous maîtrisez. Ne les renommez pas, ne les décompressez pas et ne les convertissez pas ; envoyez-les tels que Dante les a livrés.

Le téléchargement chez Dante est décrit d’après ses pages publiques au 3 septembre 2026 et peut changer ; les citations sont traduites de l’anglais. Nous ne parlons pas au nom de Dante.

Vos fichiers ne quittent pas l’UE

Le traitement et le stockage ont lieu en Finlande, sous la protection que l’article 9 du RGPD accorde aux catégories particulières de données, et rien ne franchit une frontière de l’UE. Le VCF que vous envoyez est supprimé par défaut après l’analyse ; les tranches du BAM sont supprimées dès la fin du traitement Deep Read, qu’il ait réussi ou échoué. Ce que nous conservons, avec votre consentement et seulement si vous voulez une réanalyse plus tard, c’est un petit fichier de variants normalisé, que vous pouvez supprimer à tout moment depuis votre Dashboard. Sécurité et vos données.

Questions fréquentes

Lesquels de mes fichiers Dante Labs dois-je envoyer ?

Le VCF pour le rapport complet, et aussi le BAM si vous voulez le panel pharmacogénétique Deep Read. Le FASTQ contient les reads non alignés et nous ne l’utilisons pas. Si vous ne savez pas quel fichier est lequel, ouvrez-le dans la vérification du fichier ci-dessous : elle lit l’en-tête dans votre navigateur et nomme le fichier.

Mon fichier Dante est-il en GRCh37 ou en GRCh38 ?

Dante ne le précise pas sur ses pages, et des fichiers de différentes années nous sont parvenus dans les deux versions. Pour l’envoi, cela ne change rien : la vérification du fichier lit la version dans l’en-tête, et un fichier GRCh37 est converti en GRCh38 avant l’analyse. Un fichier GRCh37 prend plus de temps, jusqu’à deux heures environ pour un gros fichier.

Est-ce que j’obtiens quelque chose que les rapports de Dante ne m’ont pas donné ?

Une seconde lecture, indépendante, du même fichier au regard des recommandations actuelles de ClinVar, ACMG et CPIC, avec chaque résultat attribué à sa source et le panel listé nommément avant tout paiement. Avec le BAM, Deep Read résout le nombre de copies de CYP2D6, indique gène par gène quelle part de chaque gène a réellement été couverte, détecte deux délétions récurrentes à partir de la profondeur de lecture et type HLA-DQ ; le panel pharmacogénétique de 29 gènes est déterminé à partir des mêmes reads.

À qui appartient Dante Labs aujourd’hui ?

En décembre 2024, le cabinet d’avocats qui conseillait l’acheteur a annoncé que Bio Cell Tech FZCO, une société immatriculée aux Émirats arabes unis, avait acquis Dante Labs Genomics FZE et l’avait renommée Lifespan Genomics Labs FZCO. Le site grand public ne signale pas ce changement. Nous l’indiquons parce que quiconque décide où conserver une copie de son génome a le droit de savoir qui détient l’original.

Conservez-vous mon génome ?

Le fichier envoyé est traité et stocké en Finlande, et supprimé par défaut après l’analyse. Les reads destinés au panel Deep Read sont supprimés dès la fin du traitement. Rien ne quitte l’UE, et il n’existe pas de coffre-fort de génomes Aimosti qui pourrait être revendu.

Génome séquencé ailleurs ? Fichiers Nebula et DNA Complete · Fichiers Sequencing.com · Fichiers Nucleus · Ce que vos reads apportent, quel que soit le laboratoire qui a séquencé votre génome