Ce que signifie un résultat de porteur
La plupart des maladies héréditaires de notre panel de porteur sont récessives. Une personne qui a une copie modifiée du gène est porteuse, et presque toujours en bonne santé. Un enfant n’est atteint que s’il hérite d’une copie modifiée de chacun de ses parents.
Quand les deux partenaires portent le même gène
Supposons que les deux partenaires portent un variant dans le même gène. Quand deux porteurs de la même maladie récessive ont un enfant, chaque grossesse comporte une probabilité d’un sur quatre que l’enfant hérite des deux variants. C’est un schéma à présenter à un conseiller en génétique avant une grossesse, et non un résultat concernant un enfant, quel qu’il soit.
Pourquoi cela compte davantage dans certaines familles
Les populations fondatrices ont leurs propres ensembles de maladies récessives. La Finlande a l’héritage finlandais des maladies (Finnish Disease Heritage), des dizaines de maladies bien plus fréquentes en Finlande qu’ailleurs. Les familles juives ashkénazes ont aussi un ensemble bien connu, dont la maladie de Tay-Sachs et la maladie de Gaucher. Notre panel de porteur comprend des gènes des deux ensembles. Cet héritage ne résume pas toute la situation finlandaise : en 2024, l’hôpital universitaire d’Helsinki (HUS) a trouvé 104 gènes pour lesquels plus de 0,5 % des Finlandais sont porteurs, et 26 seulement relèvent de cet héritage. Notre guide de la recherche du statut de porteur pour les couples explique combien de couples une telle recherche repère et ce que propose le système public finlandais.
Au-delà de ce panel sélectionné, chaque rapport de génome entier recherche aussi les variants pathogènes connus de ClinVar dans 1 363 autres gènes récessifs et liés à l’X, et la vue partenaire les compare également. Elle lit les variants que ClinVar répertorie, pas des gènes entiers : elle trouve donc la plupart des porteurs de variants bien connus, mais pas une personne dont le variant n’est pas encore répertorié.
- Aspartylglucosaminuria (AGU)
- Congenital chloride diarrhea (CCD)
- Congenital nephrosis, Finnish type (CNF)
- Cystic fibrosis
- Gaucher disease
- Niemann-Pick disease type A/B
- Non-syndromic hearing loss (DFNB1)
- Northern epilepsy (CLN8)
- Phenylketonuria (PKU)
- Salla disease
- Sickle cell & β-thalassemia
- Tay-Sachs disease
- Wilson disease
Ce qu’un fichier peut exclure, et ce qu’il ne peut pas
La comparaison n’est ni un enfant simulé, ni une probabilité pour une grossesse réelle, ni un feu vert. Quand aucun des deux fichiers ne porte de variant dans un gène, la case l’indique et précise si les fichiers ont examiné ce gène, ce qui n’est pas la même chose qu’un résultat négatif pour le couple.
Un gVCF ou des reads alignés (BAM ou CRAM) peuvent prouver qu’un gène a été lu. Un VCF simple n’enregistre que les variants qu’il a trouvés : pour ces gènes, le tableau indique donc « not examined », c’est-à-dire non examiné. Une puce de génotypage de 23andMe ou d’AncestryDNA ne peut pas du tout alimenter le panel de porteur.
Comment fonctionne la vue partenaire
- L’une des deux personnes ouvre la vue partenaire dans l’application et invite l’autre par e-mail. L’autre n’a pas encore besoin d’un compte : l’invitation lui permet d’en créer un, ou de confirmer par e-mail pour que vous puissiez ajouter son fichier à sa place.
- L’autre accepte depuis son propre compte, ou confirme par le lien de l’e-mail. Rien n’est partagé et aucun de ses fichiers n’est lu avant cela, et accepter n’oblige pas à attendre que son fichier soit là.
- Chaque personne a besoin d’un fichier de génome entier : l’une peut ajouter les deux, dès que l’autre a confirmé par e-mail. Le tableau se remplit quand les deux sont analysés, et la personne qui attendait reçoit un e-mail.
- Les deux personnes voient la même page : le nombre de gènes où au moins l’une d’elles porte un variant, ce que chacun de ces gènes signifie pour vous deux, le panel sélectionné côte à côte, et les gènes de la recherche élargie où l’une d’elles en porte un. Chacune peut retirer la vue à tout moment, et elle disparaît alors pour les deux.
Si les deux partenaires l’activent, la page montre aussi des perspectives pour le couple, présentées comme un simple divertissement : comment se transmettent quelques traits sans conséquence liés à un seul marqueur et le groupe sanguin ABO, le mélange d’origines moyen d’un enfant, et un calculateur de taille qui utilise vos deux tailles mesurées. Les tailles que vous saisissez ne sont pas enregistrées. Quand les deux rapports contiennent le score de taille de la catégorie « Emerging research » (recherche émergente), calculé à partir d’un gVCF qui a lu presque tous ses variants, les perspectives montrent aussi vos deux percentiles sur ce score et le score attendu d’un enfant, signalé lui aussi comme recherche émergente. Chaque partenaire peut les désactiver, et elles disparaissent alors pour les deux. Dans quelle mesure deux tailles, et deux génomes, prédisent la taille d’un enfant.
Avec le consentement des deux partenaires, une comparaison distincte évalue à quel point les deux fichiers sont apparentés, sous forme de palier, jamais sous forme de nombre ni de lien de parenté nommé. Elle demande un gVCF pour chaque partenaire.
Sans les perspectives pour le couple, la vue ne montre que les résultats de porteur. Les résultats dans les gènes dominants de la recherche élargie, où une seule copie modifiée peut causer une maladie, n’y apparaissent jamais. Une synthèse d’une page sur le couple, avec chaque variant et son statut dans ClinVar, est disponible à imprimer ou à enregistrer pour un conseiller en génétique.