Origines archaïques
L’ADN de Néandertal dans le fichier que vous avez déjà
Aimosti lit 9 segments d’ADN nommés que les humains d’aujourd’hui ont hérités de Néandertal, chacun rattaché à l’étude qui l’a découvert. Un gVCF de génome entier permet de les lire tous, soit 9. Un export de puce de 23andMe, AncestryDNA ou MyHeritage permet d’en lire 4 au plus, et les exports réels que nous avons mesurés en ont lu entre 1 et 4. Nous indiquons ceux que vous portez par un nombre, jamais par un pourcentage de votre génome : une liste aussi courte ne suffit pas à établir un chiffre à l’échelle du génome, et personne ne pourrait vérifier un tel chiffre pour une seule personne.
Ce que chaque type de fichier peut lire
La plupart de ces segments se repèrent à une seule lettre, à une seule position. Une puce de génotypage ne lit que les positions pour lesquelles elle a été conçue, et n’en voit donc que quelques-uns. Un génome séquencé les voit tous, à condition que le fichier enregistre où il a regardé.
| Votre fichier | Segments lus, sur 9 |
|---|---|
| Un export de puce23andMe, AncestryDNA, MyHeritage, FamilyTreeDNA, Living DNA | Jusqu’à 4, selon la puce |
| Un gVCF de génome entier | Les 9 |
| Un VCF simple de génome entier | Seulement ceux que vous portez |
| Des reads alignés, BAM ou CRAMavec Deep Read | Autant que le fichier de génome qui les accompagne |
Les 5 autres segments ne se repèrent qu’à des positions qu’aucune des puces grand public que nous avons mesurées ne contient, ou qu’une puce ne permet pas de lire de façon fiable. Quand votre puce ne contient pas un marqueur, le rapport le nomme et le laisse hors du décompte, puisque votre puce n’a jamais regardé cette position.
Un VCF simple ne liste que les positions où vous différez du génome de référence, et chaque variant néandertalien de ce panel est justement la lettre qui diffère de la référence. Un VCF simple montre donc les segments que vous portez et ne dit rien des autres, et le rapport ne devine pas si ce silence veut dire « lu, et non porté » ou « jamais lu ». Un gVCF enregistre les positions qu’il a examinées, ce qui tranche la question. Deep Read ajoute à un rapport de génome un panel de pharmacogènes tiré de vos reads alignés ; cette section-ci provient du fichier de génome.
Mesuré sur de vrais exports de puce
Un export réel par version de puce, lu par le même code que celui qui lit le vôtre :
| Export de puce | Segments lus, sur 9 |
|---|---|
| 23andMe v3, export de 2014 | 3 |
| 23andMe v4, export de 2020 | 3 |
| 23andMe v5, export de 2019 | 1 |
| AncestryDNA, export de 2018 | 3 |
| AncestryDNA, export de 2024 | 4 |
| MyHeritage, export de 2018 | 3 |
| FamilyTreeDNA, export de 2020 | 1 |
| FamilyTreeDNA, export de 2023 | 3 |
| Living DNA, export de 2019 | 3 |
Deux exports d’une même marque peuvent différer, car les fabricants révisent leurs puces. Votre propre rapport compte à partir de la liste de positions de votre propre fichier, et non à partir de ce tableau. Vous ne savez pas quel fichier vous avez ? Fichiers acceptés présente chacun d’eux, et ce que nous analysons liste chaque module par type de fichier.
Les 9 segments, et à quoi chacun est associé
Chaque segment ci-dessous a été rattaché à Néandertal par une étude publiée, et chaque marqueur a été vérifié sur des génomes néandertaliens séquencés avant d’entrer dans le panel. Le module peut aussi accueillir des segments dénisoviens ; aucun ne figure encore dans le panel. Le niveau de preuve indiqué porte sur le lien avec un trait, et c’est une autre question que celle de savoir si le segment est archaïque. Il s’agit d’associations mesurées dans de grands groupes. Aucune ne prédit quoi que ce soit pour une personne en particulier, et aucune n’est un diagnostic.
Les descriptions des segments viennent du rapport et sont donc en anglais.
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An evening-preference segment near ASB1
Several Neanderthal segments cluster in sleep and body-clock traits. This one shows up when hundreds of thousands of people are asked whether they are a morning or an evening person.
Ce que l’étude a trouvé. The archaic allele is associated with answering the morning-or-evening question as an evening person, at p = 3.6 × 10⁻¹⁰. The genome-wide analysis puts the size of it at roughly a 9% shift in the odds of that answer, which is a small nudge inside a question people answer differently in different weeks of their lives.
Ce que cela ne veut pas dire. Not a sleep finding, not a measurement of your body clock, and not an explanation of when you fall asleep. It is one variant among many that nudge the same self-report.
- Dannemann and Kelso 2017, American Journal of Human Genetics: the contribution of Neanderthals to phenotypic variation in modern humans (PMID 28985494)
- Jones et al. 2016, PLoS Genetics: genome-wide association analyses in 128,266 individuals identify new morningness and sleep duration loci (PMID 27494321)
- dbSNP, rs75804782
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A pigmentation segment near BNC2
Neanderthal DNA turns up repeatedly around the genes that set skin and hair colour. This is one of those segments, sitting just past the end of BNC2.
Ce que l’étude a trouvé. They found this allele associated with self-reported skin colour, in the direction of slightly darker skin, at p = 1.6 × 10⁻¹⁴. The measurement is a seven-category questionnaire answer, and the shift is a fraction of one category.
Ce que cela ne veut pas dire. Not a prediction of your skin colour and not a skin-health finding. Pigmentation is set by many genes together and then by how much sun a person has met.
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A hair colour segment near MC1R
Of every Neanderthal allele tested against 112,000 people, this one produced the strongest association with any trait, and the trait was hair colour.
Ce que l’étude a trouvé. The association with natural hair colour before greying reached p = 3.7 × 10⁻²⁰², and carriers were under-represented among people reporting red hair. A p-value that size reflects how cleanly hair colour can be recorded across a hundred thousand people, not how much of any one person's hair colour this explains.
Ce que cela ne veut pas dire. Not a hair colour prediction and not a test for red hair. What it reports is that one segment beside a pigmentation gene came from a Neanderthal.
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The chromosome 3 COVID-19 segment
In 2020 the largest genetic study of severe COVID-19 found its strongest common signal on chromosome 3. The segment carrying it turned out to have been inherited from Neanderthals.
Ce que l’étude a trouvé. In that meta-analysis this allele carried odds of about 1.9 for critical illness, 1.6 for hospitalisation and 1.2 for testing positive at all. Those are ratios rather than risks, and they were measured against a backdrop where age moved the absolute outcome by a factor of hundreds.
Ce que cela ne veut pas dire. Not a susceptibility test, not a measure of how you would fare against an infection, and not a statement about your immune system. It reports where one segment of your chromosome 3 came from.
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A drug-metabolising enzyme pair
One of the better-characterised reduced-function haplotypes in clinical pharmacogenomics sits on a stretch of chromosome 10 that modern humans inherited from Neanderthals. The two genes lie about 300 kb apart and the archaic segment spans both, so their variants travel together.
Ce que l’étude a trouvé. This stretch carries the variants known as CYP2C9*2 and CYP2C8*3, which reduce how quickly those two enzymes clear some of the substances they act on.
Ce que cela ne veut pas dire. Not a medication finding and not a dosing statement. What these variants mean for prescribing is reported separately, in the pharmacogenomics part of your report; this card only says where the segment came from.
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An EXOC2 segment
One of the weaker signals in the UK Biobank survey of Neanderthal DNA, kept in this panel because its provenance is solid even where its consequence is thin.
Ce que l’étude a trouvé. The archaic allele was associated with natural hair colour before greying at p = 2.9 × 10⁻⁹. That clears the genome-wide threshold and is the weakest association of the nine loci in this panel; the paper does not single out a shade for it.
Ce que cela ne veut pas dire. Not a prediction of your hair colour. Hair colour is mostly set by variants at MC1R and a handful of other genes, and this is not one of them.
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Growth hormone receptor
Neanderthals carried a growth hormone receptor with two amino-acid changes and a deleted exon. The deletion is shared with Denisovans, and the two coding changes are found in all three high-coverage Neanderthal genomes sequenced so far. Some living people inherited this receptor through interbreeding.
Ce que l’étude a trouvé. Biobank analyses across more than a million people put the effect at roughly 3 mm of height and 285 g of body mass per copy. Statistically clear, replicated, and far too small for anyone to notice in themselves.
Ce que cela ne veut pas dire. This is a fact about your ancestry, not a fact about your body. It is not a measurement of your height or build, not a health finding, and not a prediction of anything.
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The SLC16A11 transporter segment
A Neanderthal-derived version of a cellular transporter is one of the more consequential archaic segments known, and it is common in the Americas and rare in Europe.
Ce que l’étude a trouvé. The haplotype was associated with type 2 diabetes at an odds ratio of 1.29 in the discovery cohort and 1.20 on replication. The association was stronger in people who were younger and leaner at diagnosis. What made it matter in Mexico is how common it is there rather than how strong it is.
Ce que cela ne veut pas dire. Not a diabetes test and not a risk estimate for you. It reports where one segment of chromosome 17 came from, and a single variant is not how diabetes risk is assessed.
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The STAT2 segment
A quarter of a megabase around STAT2, an interferon-signalling gene, matches Neanderthal sequence. It is uncommon across Eurasia and common in Melanesia, and it was the first case where introgression looked as though it had been favoured rather than merely tolerated.
Ce que l’étude a trouvé. The haplotype sits at roughly 5% across Eurasia and at about 54% in Melanesian populations, a tenfold difference. A neutrality test that accounts for population history rejected drift alone as the explanation, which makes this a candidate for an archaic variant that was actively favoured somewhere.
Ce que cela ne veut pas dire. Not an immune finding and not a disease result. The selection signal was found in Melanesia and says nothing about any individual anywhere.
Pourquoi nous ne vous donnons pas de pourcentage néandertalien
Un chiffre néandertalien à l’échelle du génome est une somme. Pour l’obtenir, on phase le génome en ses deux copies, un modèle statistique compare chaque tronçon à des génomes archaïques et à des génomes de référence africains, et l’on additionne la longueur de tout ce que le modèle classe comme archaïque. Nous ne faisons pas tourner ce modèle. Il exige un phasage que nous ne faisons pas, il perd en précision sur les quelque 600 000 positions qu’une puce lit, et le nombre qu’il produit ne peut être vérifié pour aucune personne en particulier, faute d’une seconde mesure à laquelle le confronter.
Nous sommes partis de l’autre bout : une courte liste de segments, chacun nommé dans sa propre publication et lu à une position vérifiée. Chaque ligne de cette liste peut être vérifiée. On ne peut pas, en revanche, l’additionner pour en tirer une part de votre génome. Avec 9 segments, un pourcentage revendiquerait une précision que personne n’a, et un percentile classerait des personnes qui, pour la plupart, sont à égalité.
Ce que le rapport vous donne à la place, c’est le nombre avec son dénominateur (combien vous en portez, sur combien votre fichier a permis de lire), la population archaïque d’où vient chacun, et la position de votre nombre par rapport à la moyenne, toutes origines confondues. Ce dernier chiffre est calculé à partir des fréquences dans les populations, et sa principale réserve est imprimée juste à côté : il traite les segments comme indépendants, ce qu’ils ne sont pas tout à fait.
À quoi cela ressemble dans un rapport
Voici le début de la section dans l’exemple de rapport, rendu avec le même modèle que votre rapport, avec l’une de ses fiches. L’exemple est un génome entier fictif lu depuis un gVCF : les 9 segments ont donc tous pu être lus, et il en porte 2.
Archaic ancestry
Exploratory · the call is solid, the meaning is notYou carry 2 of the 9 archaic haplotypes that could be read from your file.
These are named, individually published segments that modern humans inherited from Neanderthals or Denisovans. This is a count over that named set, not a percentage of your genome. We don't report one, because with a set this size a percentage would imply a precision nobody has.
By source: 2 Neanderthal.
Across all ancestries, a person would average 1.1 of these. A count of 2 or more happens about 29 times in 100. This treats the markers as independent, and they aren't quite. Someone with more total archaic ancestry is likelier to carry each one, so the real spread is wider than this figure suggests.
chr3p21.31 (LZTFL1 region) The chromosome 3 COVID-19 segment carried Replicated · small effect
You carry one copy of this archaic variant.
- Your genotype
- C/T (read at rs10490770)
- Inherited from
- Neanderthal
In 2020 the largest genetic study of severe COVID-19 found its strongest common signal on chromosome 3. The segment carrying it turned out to have been inherited from Neanderthals.
How seriously to take this: the evidence
- Strength
- Replicated · small effect
- Source of the claim
- Zeberg and Pääbo, Nature, published online 30 September 2020 (PMID 32998156), traced the segment to Neanderthals. The risk estimates come from the COVID-19 Host Genetics Initiative's meta-analysis of up to 49,562 patients across 46 studies in 19 countries (Nature, published online 8 July 2021, PMID 34237774).
- Effect
- In that meta-analysis this allele carried odds of about 1.9 for critical illness, 1.6 for hospitalisation and 1.2 for testing positive at all. Those are ratios rather than risks, and they were measured against a backdrop where age moved the absolute outcome by a factor of hundreds.
The segment is about 50 kb long and sits beside genes involved in immune signalling, including LZTFL1 and a cluster of chemokine receptors. Which variant inside it does the work has never been settled. Its distribution traces migration rather than biology: common in south Asia, present in Europe, near absent in east Asia and in Africa.
This is one of the most heavily replicated associations in human genetics, and almost all of it was measured on unvaccinated people meeting the virus as it was in 2020 and 2021. What the same segment means for someone now, after vaccination and after the virus changed, is a different question and this data cannot answer it.
What this isn’t: Not a susceptibility test, not a measure of how you would fare against an infection, and not a statement about your immune system. It reports where one segment of your chromosome 3 came from.
Zeberg and Pääbo 2020, Nature — the major genetic risk factor for severe COVID-19 is inherited from Neanderthals (PMID 32998156) · COVID-19 Host Genetics Initiative 2021, Nature — mapping the human genetic architecture of COVID-19 (PMID 34237774) · dbSNP, rs10490770
Questions fréquentes
Quelle part d’ADN de Néandertal pouvez-vous lire dans mes données brutes 23andMe ?
Une partie. Un export 23andMe peut être lu pour 4 des 9 segments de notre panel au plus, et leur nombre dépend de la version de la puce. Sur les exports réels que nous avons mesurés, un fichier v5 en a lu 1, un fichier v4 3 et un fichier v3 3. Le rapport vous dit lesquels vous portez. Il n’en tire pas un pourcentage de votre génome.
Un test ADN peut-il me dire quel pourcentage de mon génome vient de Néandertal ?
Un pourcentage à l’échelle du génome est l’estimation d’un modèle : le génome est phasé en ses deux copies, comparé tronçon par tronçon à des génomes de référence archaïques et africains, et les tronçons classés comme archaïques sont additionnés. Nous ne faisons pas tourner ce modèle, et rien dans votre fichier ne permet à qui que ce soit de vérifier ce résultat pour vous personnellement. Ce que nous lisons, c’est une courte liste de segments nommés, chacun à une position vérifiée, et nous en donnons le nombre.
Quel fichier lit le plus de segments néandertaliens ?
Un gVCF de génome entier les lit tous, soit 9, parce qu’il enregistre les positions qu’il a examinées en plus de celles où vous différez de la référence. Un VCF simple de génome entier ne montre que les segments que vous portez. Un export de puce en lit entre 1 et 4 sur les exports réels que nous avons mesurés, et jamais plus de 4.
Porter un segment néandertalien est-il mauvais pour ma santé ?
Rien de tout cela n’est un diagnostic. Certains segments ont des liens publiés avec un risque de maladie, mesurés comme de modestes écarts de cotes (odds) dans de grands groupes de personnes. Chacun est rapporté au niveau de ses preuves, avec une ligne sur ce qu’il ne signifie pas pour vous, et la portée clinique du segment lié au métabolisme des médicaments se trouve dans la section de pharmacogénétique, selon une recommandation à version figée.
Rapportez-vous aussi l’ADN dénisovien ?
Pas encore. Le module peut accueillir des segments dénisoviens, et les 9 segments du panel actuel remontent tous à Néandertal.
Pour savoir comment se font les estimations de la part d’ADN de Néandertal dans les populations, et pourquoi elles bougent sans cesse, voyez L’ADN de Néandertal dans votre génome. Pour l’autre moitié de la section sur les origines, les lignées maternelle et paternelle, voyez ce qu’est un haplogroupe.
La section Néandertal fait partie de chaque rapport : 19 $US pour un export de puce, 39 $US pour un génome entier.
Le rapport lui-même est en anglais.