Cómo reanaliza Aimosti su genoma

Usted aporta datos de ADN que ya tiene, una exportación de chip de genotipado o un archivo de genoma completo. Los pasamos por un proceso fijo y versionado y le mostramos lo que dicen las bases de datos públicas sobre sus variantes, con cada afirmación atribuida a su fuente. Nunca tomamos muestras, ni secuenciamos, ni hacemos pruebas, ni diagnosticamos. Toda coincidencia con relevancia clínica se comunica de la misma manera: es una coincidencia con la literatura, no un diagnóstico. Confírmela con un médico y con una prueba genética dirigida y validada antes de actuar.

El proceso, paso a paso

1. Lectura y detección. Leemos el archivo que ha subido, detectamos su formato y su versión del genoma, y comprobamos qué muestra contiene.
2. Normalización a GRCh38. Las variantes se alinean a la izquierda y se normalizan (y, si hace falta, se convierten con liftover) a una sola versión de referencia, para que cada búsqueda caiga exactamente en la coordenada correcta.
3. Anotación. Anotamos con las bases de datos públicas actuales: predicción de consecuencias, además del contexto clínico y de la frecuencia en la población.
4. Limitación a paneles seleccionados y variantes registradas. La búsqueda se limita a paneles revisados, no a todo el genoma. En un archivo secuenciado, la búsqueda ampliada en ClinVar solo lee las variantes exactas que ClinVar registra como causantes de enfermedad, en genes elegidos a partir de las evaluaciones de ClinGen. Cada resultado puede rastrearse hasta una lista que mantiene un organismo con nombre propio.
5. Aplicación de las reglas de cada módulo. Resultados clínicos, estado de portador, búsqueda ampliada en ClinVar, farmacogenética, puntuaciones poligénicas, rasgos y ascendencia recogen hechos con fuente, cada uno desde su propio enfoque.
6. Congelación del informe. El resultado queda vinculado a las versiones exactas de las fuentes utilizadas, así que su informe nunca cambia en silencio una vez emitido.

Las fuentes que recogemos

Solo trabajamos con fuentes de licencia abierta, y mostramos la afirmación y la versión propias de cada una. No inventamos clasificaciones propias.

• ClinVar: significado clínico y estado de revisión (estrellas).
• gnomAD: frecuencias alélicas en las poblaciones.
• VEP: predicción de las consecuencias de las variantes.
• ACMG SF: la lista de genes cuyos «hallazgos secundarios» se comunican. Nuestra guía explica qué 84 genes contiene y por qué solo esos.
• CPIC: recomendaciones farmacogenéticas.
• GWAS Catalog: asociaciones con rasgos, filtradas según la evidencia.
• PhyloTree: haplogrupos mitocondriales (linaje materno).
• ClinGen: evaluaciones de la validez gen–enfermedad y de la accionabilidad en adultos, que determinan los genes de la búsqueda ampliada en ClinVar. Obtenidas del Clinical Genome Resource (clinicalgenome.org), CC0 1.0, consultadas el 5 de octubre de 2026.
• Orphanet: el patrón de herencia de las enfermedades ligadas al X, que usamos para dejar fuera de la búsqueda ampliada de portador las enfermedades dominantes ligadas al X. Orphanet: an online rare disease and orphan drug database, © INSERM 1999, orpha.net, CC BY 4.0, consultado el 5 de octubre de 2026.
• PGS Catalog: las puntuaciones poligénicas publicadas que recogemos, cada una identificada por su código del PGS Catalog y por el estudio del que procede.
• Proyecto 1000 Genomas (1000 Genomes Project): muestras europeas con las que medimos cuánto amplía el desequilibrio de ligamiento entre las variantes de una puntuación su dispersión de referencia, para que un percentil no se lea frente a una dispersión demasiado estrecha.

Ausencia de evidencia

Nunca decimos «usted no tiene X». Decimos que no se encontró ninguna variante coincidente en las regiones que cubren sus datos, y mostramos esa cobertura. Una laguna en la cobertura no es un resultado tranquilizador, y nunca dejamos que lo parezca.

Cuando aporta un gVCF, comunicamos la cobertura útil (callability) de cada gen: la parte de cada región del panel cubierta con una profundidad de lectura de al menos 10, el mínimo habitual de calidad clínica para un genotipo germinal fiable. Una región por debajo de esa profundidad se marca como sin cobertura útil completa, de modo que «no se encontró ninguna variante» nunca se confunde con «región confirmada sin variantes».

Composición de la ascendencia

Ajustamos sus genotipos a 31 componentes de referencia, 30 de ellos construidos a partir del Allen Ancient DNA Resource (datos abiertos, CC0), y los presentamos en 17 regiones. Una región reúne componentes cuyas poblaciones de referencia están demasiado próximas para que un solo archivo las distinga con fiabilidad. La agrupación se fija de antemano según el parecido de las frecuencias alélicas de los componentes, no cliente a cliente.

Cada región recibe una estimación y un intervalo. El intervalo es la dispersión de la estimación en 100 remuestreos de sus marcadores, ampliado por arriba con la parte que no pudimos asignar, porque esa parte puede pertenecer a cualquier región.

Comprobamos los intervalos de dos maneras. En genomas simulados a partir de las propias frecuencias alélicas del panel, el intervalo de una región contuvo el valor real el 97 % de las veces. Esa prueba es generosa, porque la persona simulada procede exactamente de las frecuencias con las que ajustamos. En genomas montados a partir de personas de referencia reales, cromosoma a cromosoma, y ajustados con un panel que no las incluye, el intervalo contuvo la proporción conocida el 79 % de las veces con la densidad de un chip de 23andMe y el 67 % en genomas completos. Aquí los genomas completos salen peor: más marcadores estrechan el intervalo, pero los grupos de referencia no son más grandes, y esa parte de la incertidumbre no está en el intervalo. Esta segunda prueba tiende a quedarse corta, porque la ascendencia mixta de las propias personas de referencia cuenta como un fallo.

Dentro de una región solo mostramos intervalos, redondeados a 5 puntos: en la simulación contuvieron el valor real el 91 % de las veces, y por eso no damos una cifra exacta para ellos.

Son mediciones sobre genomas simulados y de referencia, no una promesa sobre un archivo concreto. Un archivo que encaja mal con el panel lo indica en su tarjeta.

El componente judío asquenazí se basa en frecuencias alélicas publicadas. Su referencia son 471 personas de NCBI GEO GSE23636 (Bray et al. 2010, PNAS), aportadas por la Universidad Emory (Bray, Warren). Se genotiparon con otro chip, y solo usamos sus frecuencias alélicas: no se conserva el genotipo de ninguna persona. Esas frecuencias cubren el 52 % de los marcadores de este panel. En el resto, el componente se modela a partir de sus vecinos en el panel, de modo que su archivo solo puede distinguirlo en los marcadores cubiertos. Parte de una ascendencia judía asquenazí aparecerá como Western and Southern Europe, la región que contiene su referencia más cercana, Italian–Balkan. También ocurre al revés: parte de una ascendencia del sur de Italia o de los Balcanes puede aparecer como judía asquenazí, y por eso solo nombramos una proporción judía asquenazí a partir del 13 %. En el mapa, el componente se dibuja donde vivían los antepasados recientes de las personas de referencia, en Europa central y oriental. Ningún otro grupo judío tiene un componente propio: el Allen Ancient DNA Resource contiene otros nueve grupos judíos actuales, con entre 5 y 10 personas cada uno, demasiado pocas para construir un componente. Como todos los componentes, mide cuánto se parecen sus genotipos a un grupo de referencia, y no dice nada de religión ni de comunidad.

Dos preguntas, por separado

Distinguimos siempre entre dos preguntas: ¿qué seguridad tiene la comunidad científica de que esto es real? (estado de revisión en ClinVar, número de envíos, replicación) y ¿cuánto importaría si lo fuera? (tamaño del efecto o penetrancia). Un efecto grande nunca oculta una evidencia débil. El informe en sí está en inglés; el glosario explica los términos que usa.

Esta página describe el método. Las versiones exactas de las fuentes que se usaron en cada informe quedan fijadas dentro de ese informe.

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